Als unabhängig gelten Jurys, die ihre Preise im Namen externer, vom Festival unabhängiger Organisationen und Institutionen vergeben. Das hohe Qualitätsniveau und die Vielfalt im Festival-Programm laden dazu ein, sich kritisch mit dem Medium auseinanderzusetzen und mit einem eigenen Werturteil Akzente zu setzen. Dementsprechend vergeben die unabhängigen Jurys ihre Preise nach unterschiedlichen Kriterien, je nach dem speziellen Anliegen, das sich mit der Auszeichnung verbindet.

Folgende Preise werden im Rahmen der Berlinale von unabhängigen Jurys vergeben:

Seit 1992 sind die internationalen Filmorganisationen der evangelischen und der katholischen Kirchen - Interfilm und Signis - durch eine aus sechs Mitgliedern bestehende gemeinsame ökumenische Jury vertreten. Die Jury vergibt ihren Hauptpreis für einen Film aus dem Wettbewerb, sowie je einen mit 2.500 Euro dotierten Preis für einen Film aus der Sektion Panorama und aus dem Programm des Forums. Die Jury ehrt mit den Preisen Filmschaffende, die in ihren Filmen ein menschliches Verhalten oder Zeugnis zum Ausdruck bringen, das mit dem Evangelium in Einklang steht, oder die es in ihren Filmen schaffen, die Zuschauer für spirituelle, menschliche und soziale Werte zu sensibilisieren.

Die Jurys der „Fédération Internationale de la Presse Cinématographique“, des internationalen Verbands der Filmkritik, sichten Filme aus dem Programm des Wettbewerbs und in den Sektionen Panorama und Forum. Pro Sektion wird ein Preis für den besten Film vergeben.

Die Jury der „Gilde deutscher Filmkunsttheater“ setzt sich aus drei Juroren zusammen, die Kinobetreiber und Mitglieder der Gilde sind. Sie vergibt ihren Preis an einen Film des Berlinale-Wettbewerbs.

Für die Confédération Internationale des Cinémas D´Art et Essai (C.I.C.A.E.), den Internationalen Verband der Filmkunsttheater, sind zwei Jurys auf der Berlinale tätig: eine vergibt einen Preis an einen Film des Panoramas, eine kürt einen Film des Forums.

Das Label „Europa Cinemas“ wurde auf dem Filmfestival in Cannes 2003 erstmals der Öffentlichkeit vorgestellt. Ziel der Initiative ist die Förderung europäischer Filme, ihres Verleihs und ihrer Wahrnehmung beim Publikum und in den Medien. Es wird jeweils ein europäischer Film der Quinzaine des Réalisateurs in Cannes und seit 2004 auch der Venice Days in Venedig mit dem Label durch eine Jury von 5 Mitglieds-Kinobetreibern ausgezeichnet. In 2005 wurde diese Auszeichnung zum ersten Mal auf der Berlinale vergeben, und zwar an einen europäischen Film des Panoramas.

Die Teddy-Awards gehen an Filme, die in einem schwul-lesbischen Kontext stehen. Die neun Mitglieder der internationalen Jury werden zum großen Teil aus dem Kreis schwul-lesbischer Filmschaffender und FestivalmacherInnen gewählt. Sie sichten Filme aller Festivalsektionen. Aus einer von der Jury festgelegten Auswahl von Filmen wird ein mit je 3.000 Euro dotierter Teddy an einen Spielfilm, einen Kurzfilm und einen Dokumentarfilm vergeben.

Initiiert wurde der Preis „Dialogue en perspective“ vom französischen Fernsehsender TV5Monde zusammen mit dem Deutsch-Französischen Jugendwerk und den Internationalen Filmfestspielen Berlin. Der Preis geht an einen herausragenden Beitrag in der Sektion Perspektive Deutsches Kino. Ziel des Preises ist es, aktuelles deutsches Kino einem jungen französischen Publikum nahe zu bringen. Der Gewinner-Film wird beim Festival des deutschen Films in Paris vorgestellt. Die Jury besteht regelmäßig aus acht Mitgliedern: einem Jurypräsidenten oder einer Jurypräsidentin, die mit ihrer Arbeit für den filmischen Dialog zwischen Deutschland und Frankreich stehen, sowie weiteren vier französischen und drei deutschen Mitgliedern, die mittels einer öffentlichen Ausschreibung von den Preisstiftern ausgewählt werden.

Die aus drei Mitgliedern bestehende Jury vergibt den Caligari-Filmpreis an einen Film des Forums. Der Preis wird vom „Bundesverband kommunale Filmarbeit“ und der Zeitschrift „film-dienst“ gestiftet. Er ist mit 4.000 Euro dotiert, wobei die eine Hälfte an den Regisseur des Films geht, die andere den Verleih fördert.

Das „Network for the Promotion of Asian Cinema“ (NETPAC) ist ein Zusammenschluß von Festivalorganisatoren und Filmkritikern, die sich die Förderung des asiatischen Films zum Ziel gesetzt haben. Die Jury sichtet asiatische Filme im Programm des Forums.

Die Jury besteht aus neun Mitgliedern, die Filme aus allen Sektionen sichten. Der Hauptpreis ist mit 5.000 Euro dotiert und wird von der „Initiative Friedensfilmpreis“ in Verbindung mit den „Ärzten zur Verhütung des Atomkriegs“ (IPPNW) und der Heinrich-Böll-Stiftung gestiftet. Darüber hinaus kann die Friedensfilmpreis-Jury lobende Erwähnungen aussprechen.

Die deutsche Sektion von „amnesty international“ verlieh auf der Berlinale 2005 erstmalig den Amnesty International Filmpreis, der bereits auf anderen internationalen Filmfestivals vergeben wird. Der Preis ist mit 2.500 Euro dotiert. Die Jury sichtet Filme der Sektionen Wettbewerb, Panorama und Forum und richtet dabei ein besonderes Augenmerk auf Dokumentationen. Ziel des Preises ist es, die Aufmerksamkeit von Fachbesuchern und breitem Publikum auf das Thema Menschenrechte zu lenken und Filmemacher dazu zu ermutigen, sich dieses Themas verstärkt anzunehmen.

Der Verband der Filmarbeiterinnen e.V. vergibt jährlich den Femina-Film-Preis, im Jahr 2005 erstmals im Rahmen der Berlinale. Der Preis wird verliehen für "hervorragende künstlerische Leistungen einer Technikerin" in einem deutschsprachigen Spielfilm, und zwar im Bereich Ausstattung, Kamera, Kostüm, Musik oder Schnitt. Ziel des Preises ist, die Bedeutung der künstlerischen Arbeit der mitwirkenden Frauen für das Gesamtresultat eines Filmes hervorzuheben. Die Jury des mit 3.000 Euro dotierten Preises besteht aus drei im Filmbereich tätigen Frauen.

Für den Panorama Publikumspreis können alle Besucher der Berlinale mittels Stimmzetteln votieren. Der Preis wird seit 1999 vergeben und verdankt sich einer gemeinsamen Initiative des Berliner Stadtmagazins "tip", des Radiosenders "Radioeins" und des Panoramas.

Die Jury besteht aus 12 Lesern der Tageszeitung "Berliner Morgenpost". Es wird ein Spielfilm des Wettbewerbs prämiert.

Die Jury, die sich aus sieben Lesern der "Siegessäule", einem schwul-lesbischen Berliner Stadtmagazin, zusammensetzt, sichtet Filme aller Sektionen, die in einem schwul-lesbischen Kontext stehen. Der Leserpreis wird an einen Spielfilm verliehen.

Seit der Berlinale 2007 beruft auch der "Tagesspiegel" eine Leserjury. Sie besteht aus neun Mitgliedern, die in einem Ausschreibungsverfahren ermittelt werden. Der Leserpreis des Tagesspiegel ist mit 3.000 Euro dotiert und geht an den besten Film des Forums.

Der von Volkswagen gestiftete Preis wendet sich an junge Sounddesigner und Komponisten. Diese bewerben sich bei der Volkswagen Score Competition mit der Vertonung von drei ausgewählten Filmausschnitten von je zwei Minuten. Eine internationale Jury wählt die drei besten Bewerber aus, die ihren Score dann gemeinsam mit dem Filmorchester Babelsberg in Berliner Studios umsetzen. Eine Jury kürt im Anschluss den besten Score, dessen Komponist dann eine von Dolby gestiftete Reise nach Los Angeles antreten darf.

Für den Berlin Today Award sind die Teilnehmer jedes Campus’ aufgefordert, internationale Teams zu bilden und sich mit einer Kurzfilmidee zu bewerben, die einen Berlin-Bezug hat. Drei Projekte werden ausgewählt und anschließend in Zusammenarbeit mit dem Medienboard Berlin-Brandenburg und Boxfish Films realisiert. Im Folgejahr werden die Filme im Rahmen des Berlinale Talent Campus gezeigt. An den besten von ihnen vergibt eine Jury den Berlin Today Award.